Структура лаборатории состоит из 5 отделений: Гигиена питания (пищевые продукты); коммунальная гигиена (почва, вода, дез.средства); промышленная гигиена (ВРЗ, АВЗ, Метеофактор и освещенность); неионизирующие излучения (ЭМП, шум, вибрация); токсикология пестицидов (пищевые продукты, почва, вода, минеральные удобрения и др.).
        В ее задачи входит: проведение санитарно-эпидемиологической экспертизы в области обеспечения безопасности пищевых продуктов; контроль централизованного и нецентрализованного водоснабжения, природных и минеральных вод; контроль химической безопасности пестицидов и минеральных удобрений; инструментальный контроль уровней акустического шума, вибрации, ультра- и инфразвука, электромагнитных излучений, ультрафиолетового, инфракрасного, лазерного излучений, освещенности и микроклимат, контроль за безопасностью воздуха рабочей зоны в промышленных объектах; исследование дезинфицирующих средств.
        Референс-лаборатория оснащена современным оборудованием высокого разрешения, что позволяет обеспечить качество работы на всех этапах проведения лабораторных исследований, и определять с высокой точностью остаточные количества пестицидов, концентрацию действующих веществ, а также определение спиртов в дезинфицирующих средствах.
        Определение всех видов пестицидов, зарегистрированных в Республике Казахстан, проводится методом газовой хроматографии, высокоэффективной жидкостной хроматографии и хромато-маcс-спектрометрическим методом.
        Определяется полный спектр действующих веществ в пестицидных препаратах и их остаточное количество во всех объектах окружающей среды, что позволяет дать полную гигиеническую оценку безопасности и качества питьевой воды, продовольственного сырья и пищевых продуктов.