Филиалдың құрылымы үш блоктан тұрады (184-сурет):
-мамандары биологиялық, химиялық және радиациялық суреттерді анықтау мақсатында санитариялық-эпидемиологиялық жағдайға мониторинг жүргізетін жедел басқармалар; алынған деректерге талдау және жағдайды болжау жүргізеді; Халықаралық ынтымақтастық, білім беру және ғылыми бағдарламалар менеджменті басқармасы тәуекел факторларын және олардың халықтың денсаулығына әсерін зерделеу мақсатында ғылыми және білім беру гранттарын іздеуді және оларға қатысуды ұйымдастыруды, инфекциялық және инфекциялық емес аурулар бойынша халықаралық гранттар мен басқа да ғылыми-практикалық зерттеулерді іске асыру мониторингін, сондай - ақ филиалдың білім беру қызметін ұйымдастыру мен жүзеге асыруды жүзеге асырады;
-7 референттік зертхананы, сынамаларды іріктеу жөніндегі бөлімді, зертханалық зерттеулер менеджменті басқармасын біріктіретін зертханалық кешен;
- әкімшілік-шаруашылық блок.

Сынақ орталығының, медициналық зертхананың, біліктілікті тексеру провайдерінің референттік зертханаларын аккредиттеу

- полиомиелит бойынша Ұлттық референс-зертхана мәртебесі расталды (ДДҰ ЕҚБ комиссиясы);
- тұмау (Сингапур), полиомиелит, вирустық гепатит бойынша халықаралық ВОК бағдарламаларында тестілеудің жоғары сапасы (нәтижелердің 100% дұрыстығы) расталды.

Филиал Зертханалары:

- биологиялық, химиялық және радиациялық суреттерді кейіннен бағалай отырып, қоршаған орта мен тамақ өнімдерінің қауіпсіздігін бақылауды жүзеге асырады, сондай-ақ зертханалық зерттеулердің сапасын сырттай бағалау бағдарламасын орындайды, патогендердің микробқа қарсы төзімділігіне мониторингті жүзеге асырады, Денсаулық сақтау практикасына инновациялық зертханалық зерттеулерді зерттейді және енгізеді (реттілік, ГМО-ны, антибиотиктердің, Тамақ өнімдеріндегі стероидты препараттардың қалдық мөлшерін анықтау; қоршаған орта объектілерін жоғары технологиялық зерттеу).
-тұмау (Сингапур), полиомиелит, вирустық гепатит бойынша халықаралық ВОК бағдарламаларында тестілеудің жоғары сапасы (нәтижелердің 100% дұрыстығы) расталды.
-Радиациялық қауіпсіздік жөніндегі Референс-зертхана 'А' тобы персоналының жеке сәулелену дозаларының дерекқорын қалыптастырады. Сондай-ақ, зертхана қызметкерлері республиканың аумақтық зертханаларының қызметін жетілдіру бойынша ұйымдастырушылық-әдістемелік жұмыстарды үнемі жүргізеді.
- Зерттеу нәтижелері ҚР ДСМ комитеттері мен департаменттеріне, аумақтық қоғамдық денсаулық сақтау департаменттерінің, денсаулық сақтау басқармаларының мамандарына, сондай - ақ ғылыми орталықтарға беріледі. Бұдан басқа, ведомствоаралық өзара іс - қимыл шеңберінде ақпарат Ауыл шаруашылығы министрлігіне - жалпы зооноздық инфекциялар бойынша, Энергетика министрлігіне - радиациялық фон және химиялық зерттеулер нәтижелері бойынша және экология министрлігіне-Қоршаған орта объектілерін зерттеу нәтижелері бойынша жіберіледі.

Жедел басқармалар:

          Филиал базасында эпидемиологиялық, санитарлық-гигиеналық деректерді жинау және шоғырландыру жүргізіледі, бұл жағдайды талдауға, бағалауға және болжауға, олардың халықтың денсаулығы мен экологиясына әсерін азайту бойынша ықтимал Сызбалар мен ден қою шараларын анықтауға мүмкіндік береді. Қазіргі уақытта филиал еліміздегі санитарлық-эпидемиологиялық ахуал бойынша 60 жұқпалы және жұқпалы емес ауруларға мониторинг жүргізу және жүйеге 247 қатысушыдан - ҚР ДСМ аумақтық департаменттері мен зертханаларынан статистикалық деректерді күнделікті жинау және 1200-ден астам ақпаратты өңдеу арқылы бірыңғай ақпараттық өрісті қалыптастыруда.
          Филиалдың Орталық ақпараттық деректер банкінде 3 негізгі бағыт бойынша материалдар бар екенін атап өткен жөн:
          1-бағыт-жұқпалы және әлеуметтік маңызы бар жұқпалы емес аурулар туралы ақпарат. Бұл деректер эпидемиологиялық қадағалау, ҚР халқының аурушаңдығын талдау және болжау, олардың пайда болу себептерін анықтау және профилактикалық және эпидемияға қарсы іс-шараларды әзірлеу барысында пайдаланылады.
          Деректердің ерекше бөлімі әртүрлі жастағы және кәсіптік топтарда халықты жұқпалы ауруларға қарсы вакцинациямен қамту жөніндегі мәліметтерді; вакцинациядан бас тарту жөніндегі жеке мәліметтерді; вакциналар резерві, ''суық режим'' талаптарын сақтау туралы мәліметтерді қамтиды.
          2-ші бағыт-биологиялық, химиялық, радиациялық, токсикологиялық, электромагниттік қауіпсіздік көрсеткіштері бойынша сыртқы ортаның қауіпті факторларының мониторингі. Осы мониторингтердің нәтижелері бойынша елді мекендердің инфрақұрылым объектілерінің (тамақ объектілері, өнеркәсіптік кәсіпорындар, радиациялық қауіпті объектілер, су объектілері және т.б.) санитариялық-эпидемиологиялық маңыздылығы айқындалады.
          3-бағыт-аса қауіпті инфекциялардың (оба, геморрагиялық қызба, сібір жарасы, кене энцефалитінің) табиғи ошақтарын анықтау және бақылау арқылы және тұрақты эпидемиологиялық және энтомологиялық бақылаудағы аумақтарды Қазақстан аумағында биологиялық қауіпсіздікті қамтамасыз ету. 2003 жылдан бастап сібір жарасы бойынша қолайсыз пункттердің кадастры және картаға түсіру – аса қауіпті инфекциялардың табиғи ошақтарының шекараларын анықтау жүргізілуде.