Задачи лаборатории:
1)Создание и организация национальной системы внешней оценки качества;
2)Оказание организационно-методической работы медицинским лабораториям в объективной оценке качества выполняемых исследований;
3)Осуществление лабораторного надзора при проведении противоэпидемических мероприятий, лабораторные исследования объектов внешней среды;
4)Участие в осуществлении санитарно-эпидемиологической экспертизы предпроектных, проектных материалов, нормативных документов организаций, технологических регламентов, услуг, качества и безопасности продуктов, товаров, сырья;
5)Внедрение и проведение редких лабораторных исследований с применением высокотехнологичных методов и оборудования;
6)Проведение научно-исследовательской работы;
7)Подготовка и повышение квалификации специалистов лабораторной службы, обучение современным методам исследования, методам лабораторной диагностики вирусных инфекций;
8)Участие в расследовании вспышек групповых инфекционных заболеваний вирусной этиологии.
9)Проведение всех видов исследований согласно утвержденной номенклатуре исследований и оказание дополнительных медицинских услуги населению и учреждениям в установленном законодательством порядке;
10)Реализация национальной программы элиминации кори (лабораторный надзор за случаями кори/краснухи);
11)Лабораторный надзор за полиомиелитом в рамках глобальной программы по ликвидации полиомиелита и поддержание статуса страны, как территории свободной от полиомиелита;
12)Слежение и лабораторный надзор за циркуляцией вируса гриппа и других респираторных вирусных инфекций на территории Казахстана в рамках программы ВОЗ;
13)Участие в проведении аттестации и аккредитации лабораторий и испытательных центров, занимающихся вопросами диагностики вирусных инфекций, на соответствие действующим санитарным правилам и нормативным документам, определяющим требования к режиму работы лабораторий, занимающихся диагностикой вирусных инфекций.

        Достижения лаборатории
        Лаборатория является аккредитованной лабораторией ВОЗ по полиомиелиту, кори/краснухе и СВК, кроме того является Национальным Центром по гриппу в Казахстане.
        Имеет разрешение на работу с возбудителями 2-4 группы патогенности от KZ28VMY00005492, KZ05VMY00005518, KZ81VMY00005508 от 23.05.2023 г.
        В 2017 году аккредитована как провайдер проверки квалификации согласно ГОСТ ISO/IEC 17043-2013 «Оценка соответствия. Основные требования к проведению проверки квалификации» и реализует Национальную программу ВОК для 18 вирусологических лабораторий филиалов НЦЭ по кори/краснухи, энтеровирусным инфекциям, гриппу, вирусным гепатитам с применением молекулярно-генетических, серологических и вирусологических методов.
        В 2018 году аккредитована по двум стандартам СТ РК ISO 15189-2015
        «Лаборатории медицинские. Требования к качеству и компетентности» и СТ РК ISO/IEC 17025-2018 «Общие требования к компетентности испытательных и калибровочных лабораторий».
        Внедрение новых технологий в области молекулярно-генетических исследований (метод капиллярного секвенирования) в Референс-лаборатории позволило получать нуклеотидную последовательность штаммов и определять мутационную изменчивость штаммов вируса гриппа, SARS-CoV-2, кори и гепатита В. Лаборатория проводит молекулярно-генетические исследования гриппа A/H1N1pdm, A/H3N2, гриппа B, а также серологические исследования на вирусные гепатиты А, В, С, Д, корь/краснуху и на энтеровирусную группу. На сегодня РЛ имеет возможность проводить лабораторную диагностику вирусов гриппа птиц A/H5N1, A/H7N9 и ближневосточного респираторного короновируса (БВРС-КоВ).
        В рамках международного сотрудничества и проверки качества проводимых исследований референс-лаборатория участвует в международных программах внешней оценки качества и сотрудничает с Институтом Френсиса Крика (Лондон), Центром по охране здоровья Департамента здравоохранения (Гонконг) в области молекулярно-генетических исследований гриппа и определение резистентности вирусов гриппа, с институтом Коха (Германия) по исследованиям нового ближневосточного короновируса –МЕRS.
        Референс-лаборатория имеет сильную материально-техническую базу, высококвалифицированный кадровый состав.
        Крупными заказчиками исследований референс-лаборатории по вирусным инфекциям являются СДС, Научно-исследовательский центр Namru ВМФ США, Норвежский Институт общественного здравоохранения, ведущие Национально- исследовательские Центры.